【解決】アプリ間でのレコードを比較し差分を調べたい

kintone REST API Clientを使ってみるとかんたんに書けると思いますがいかがでしょうか？

目指せ！JavaScriptカスタマイズ中級者（４） 〜kintone REST API Client編〜

getAllRecordsというメソッドで全件取ってこれます。
2つのアプリのレコードを比較したいということでしたら、async/awaitで非同期処理するといいと思います。