以下の記事にて戻り値がnullとなる条件は「利用できない画面」とありますが、
条件によってはレコード一覧画面でもnullになる場合がありそうです。
意図している動作なのかという確認と、記述追加を検討いただければ幸いです。
確認した動作
1: チェックボックスの項目「チェックボックス01」を、以下選択肢とする。
AAA、BBB、CCC
2: レコード一覧画面にて、kintoneの絞り込み機能を使い、以下を絞り込み条件を指定する。
チェックボックス01 次のいずれかを含む AAAとCCCが選択された状態にする。
3: 適用すると絞り込み条件が「?q=****」にてURLに表現され、レコード一覧画面にてレコードの絞り込みが行われる。
4: このURLを保管しておく。
5: アプリ設定画面にて、選択肢CCCを削除し、アプリを更新する。
6: 4:にて保管したURLをブラウザのURL欄に貼り付けて移動する。（同様な検索がされたレコード一覧画面に遷移する。）
7: 6の画面にてkintone.app.getQueryCondition();を実行するとnullが戻ってくる。
また、7でnullが戻る際に画面上部からnotificationが表示されます。
一方で、モバイル画面で同様な状況下でkintone.mobile.app.getQueryCondition();を呼び出すとnullにはならず、削除した選択肢の内容を含んだクエリが取得できます。