こんにちは。
調べてみると、kintone は選択式のフィールドで選択肢を削除した場合でも、
内部的には削除した選択肢のデータが残っており、ファイル書き出し時に
削除した選択肢も取得されちゃうみたいです。
また、回避策としては、新しくフィールドを設置し直すしかないようなので、
CSVファイルに書き出した後、削除した選択肢を取り除く必要が
あるのかなと思います。
なお、フィールドを取得する で現在の選択肢のみを取得できるようなので、
削除済みの選択肢を取り除く処理を実装することは可能かと思います。