現状バックアップというと有料プラグインが有力だと思いますが、
無料で実現したいです。
エクスポートでもバックアップできると思いますが、一部できないフィールドもありますし
手作業になると思います。
JSでどうにかできないのでしょうか。
理想はバックアップしたいときに発火させてアプリも指定したいです。
フィールドもすべてできたらうれしいですね 
REST API を使ってレコードを取得する、それを CSV や JSON で吐き出す、というのが一般的だと思います。 cli-kintone がその実装例ですね (あれも Node.js で動いているので)
バックアップと一言に言っても、色々なパターンがあると思います。
- ユーザー操作でのレコード削除によるデータ紛失への対策
- kintone に障害が発生した場合のデータ紛失への対策
- 新機能の検証のため、本番環境のデータを検証環境にコピーするためのデータ
- 逆に本番環境に新機能を追加する際のロールバックのためのデータ
JSカスタマイズでもやり方はありますが、ブラウザ上で動くのでブラウザからアクセスできる範囲にしかデータを送信できない技術的制約があります。
またそもそも意図によって実現するべき方法は変わってきます。 kintone の別アプリへの複写で十分なのか、外部媒体がいいのか。 RPA やバッチ処理など別の仕組みを利用したほうが良いのか。
具体的にどのような意図でバックアップが取りたいのかがあると、何を許容できるのかが見えてくるかもしれません。