済みませんが、かなり初歩的な質問です。
アプリを完全に外部で作成し、それを kintone プラットフォームへ読み込む事は不可なのでしょうか。
作成した js や css をバージョン管理したいのですが、アプリの読込機能が見当たりませんので、
この要件は満たせない事になります。
github で作成し、URL で js のパスを記載して都度読み込ませれば可能である事は解るのですが。
JSやCSSについては、ローカルで開発し、それはGitで管理、
cli-kintoneなどでアップロード、が定石かなと思います。
はじめまして
同じような悩みがあり、AIに聞きながら環境を作りました。
VSCode + Node.jsを使って、javascript、cssのデプロイ、ダウンロードができる環境を構築できました。他にもapi経由で各種設定をエクスポートできます。
GitHubへは、VSCode経由でコミットしています。
開発環境の構築、は、現代では色々できるようになったのもあり、は職人芸といいますか、ある程度なれてないと難しいものだったとおもいます。
しかしいまはAIにききながら、そのあたりも整えてもらえるので非常にカスタマイズしやすくなったとおもいます！ 
@sf019jp さん
JS、CSS、の（ｶｽﾀﾏｲｽﾞ）コードをプラグイン化したらいかでしょう？
プラグインにするとバージョン管理もできるし
アプリへの読込機能もありますよ
プラグインを作成してみようから
抜粋
プラグインのバージョン表示ヶ所（Claude君が作成したPluginです）
アプリへの読込機能はにてご確認ください
プラグインの管理
kintoneシステム管理でプラグインを読み込み、読み込んだプラグインをアプリごとに追加することでプラグインを利用できます。
ファイルを読み込んでプラグインを（kintone に） 追加する
（アプリに）プラグインを追加／削除する
JS や CSS のバージョン管理は Git で良いと思いますが、アプリ自体のバージョン管理は専用に REST API を使った管理体制を作るか、専用の連携サービスを利用するしかないと思いますね。
もしくは、ライトに行くならアプリテンプレートやスペーステンプレートが楽かもですね (作成しかできないので、既存のアプリの更新は不可) 。
一応私は Claude Code を使って REST API でアプリの構造や設定などを JSON でローカル保存/環境に反映ができるプロジェクトを作ったことがありますが、まあまあ大変だったので次やるかと言われたらうーん……って感じです。