済みませんが、かなり初歩的な質問です。
アプリを完全に外部で作成し、それを kintone プラットフォームへ読み込む事は不可なのでしょうか。
作成した js や css をバージョン管理したいのですが、アプリの読込機能が見当たりませんので、
この要件は満たせない事になります。
github で作成し、URL で js のパスを記載して都度読み込ませれば可能である事は解るのですが。
JSやCSSについては、ローカルで開発し、それはGitで管理、
cli-kintoneなどでアップロード、が定石かなと思います。