cli kintone.exe で $idの更新

レコード番号 | kintone ヘルプ
https://jp.cybozu.help/k/ja/user/app_settings/form/form_parts/record_number.html

「レコード番号の変更はできません。また、削除したレコードのレコード番号は欠番となり、番号の振りなおしはされません。」

とあるのでできないと思います。