こんにちは。
記載いただいているように、ルックアップ取得時に参照先アプリの
フィールドにフラグ立てて、絞り込みの初期設定で絞り込めば、
実現させることは可能と思います。
上記の場合、レコード保存成功後イベントで、取得したレコードに
“PUT” 処理実行して、フラグ立てる流れになるのかなと思います。
上記以外では、自作でルックアップを作成することでも、
動的に選択画面上のレコードを変更させることも可能かと思います。
自作のルックアップを実装する方法は、探すとちょくちょく見つかるので、
参考にしてみるといいかもしれないです。