プラグインを追加し設定をして再度設定をしようとすると設定した項目が初期化されてしまいます。
設定の内容を保存するためにはどのような対応をしたらいいのでしょうか。
皆様がどのような対応をしているかお教えください。 
外部プラグインでしたら提供元に伺うのが一番だと思いますが、
自作プラグインの場合、JavaScriptでの既存データ読み込みに失敗しているのではないでしょうか。
このページにある「 設定画面用JavaScript」のSTEP2辺りが参考になるかと思います。
ありがとうございます。
確認してみます。
追記)
無事できました！
ありがとうございました。