お世話になっております。
トヨクモの友利と申します。
１つめの方法に関して、条件分岐は表示の制御を行うものであり非表示でもチェックが付いている状態が残ってしまうため、JavaScriptのカスタマイズのchangeイベントで非表示になった際に値をクリアするカスタマイズを使用することで解決可能です。
２つめの方法に関してはおそらく下記のカスタマイズを追加することで回答可能かと思われます。
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１つめの方法に関して、条件分岐は表示の制御を行うものであり非表示でもチェックが付いている状態が残ってしまうため、JavaScriptのカスタマイズのchangeイベントで非表示になった際に値をクリアするカスタマイズを使用することで解決可能です。
２つめの方法に関してはおそらく下記のカスタマイズを追加することで回答可能かと思われます。