基幹システムから出力したデータ（csv）を、Kintoneアプリに日々、データを追加、すでに存在するデータは更新したいのですが、どのように実装すればよろしいでしょうか？
こんにちは。
実装の一つに、cli-kintoneというツールを使う方法があります。
・定期実行でデータの同期を実現するスマートな方法 その1〜cli-kintone編〜 https://developer.cybozu.io/hc/ja/articles/217964263
・kintoneコマンドラインツールでUPSERTしてみた https://qiita.com/ushiron/items/40142dfd1ba873bbfb6f
このあたりが参考になると思います。
現在、kintoneにはカスタマイズしたJSを定期的に実行する機能はありませんので、その他の方法を取る時にも
外部より「日々データを追加、更新」する処理を実装することになります。
サーバーを立ててcron等で定期処理をするか、AWS Lambda等のサーバーレスで処理するのが一般的と思います。
もちろん、毎朝CSV読み込みしても良いですし、CSV読み込みするプログラムを実行しても良いかと思います。