@wtnb1157 さん
こんにちは、コピー版のアプリを作成するのはお客様の環境なのでしょうか…?
それとも自社の環境にコピーして改修するのでしょうか？
また、
ルックアップフィールドの仕様により、データの移行が上手くいかないことが発覚し断念
とありますが、状況としてどのような仕様でデータ移行がうまくいかないのでしょうか…？
私もお客様先の環境をよく触る機会があるのですが、アプリ構造に関しては、JSONに残してバージョン管理しておりますね。レコードデータは、お客様や情報によりけりですが、CSVでダウンロードしてバージョン管理と同じくしてます。
恐らくですが、すぐに改修前の状態を確認できる状態にしておきたいという意図だと思いますが、コピー用のアプリはルックアップフィールドの部分は文字列(1行)にしてデータだけ更新しておいて、本番環境を修正かけるしかないかなと思います。