こんにちは。
cli-kintone で複数の APIトークンを使用可能ですよ。
--api-token オプションの説明にも記載がされているのですが、
複数の API トークンを指定する場合には、`,`（半角カンマ）で
API トークンを区切る必要があります。
例：--api-token "BNk5wfOufWtPSTc6miMBTEa0SEm5ZokIcJWSSYXL,WjfkaoKncXlXFqIY0lLwfv8FZELUkv8YnZRnV104"
※ --api-token オプションの説明欄に記載されているものを転記しています。
上記のような記述でエラーを回避可能か、試してみてもらえればと思います。