現在、ルックアップで取得したデータが、5000件程度あります。
そのデータを新たに配置したユーザー選択フィールドに反映したいのですが、
何か良い方法はないでしょうか？
ルックアップで取得したデータとは、どんな形式ですか？ユーザー選択フィールドはユーザーのidを含んだオブジェクトの配列である必要がありますが、そのまま使用できる値ですか？
フォームの設定で新しく追加したユーザー選択フィールドに値を追加したいものの、そのレコードが5000件程度あるという認識でよろしいでしょうか。
更新するレコードが5000件程度となると、@kintone/rest-api.client等を使ってレコードを一括更新すると良いでしょう。
https://developer.cybozu.io/hc/ja/articles/900000767263#document
最初に全てのレコードを取得してループをし、ユーザー選択フィールドを追加したリクエストボディを作成して更新、という手順で実現できると思います。