Riorio さま
creemaから吐き出したcsvをそのまま取り込んでいる形ですね。csvデータの成形については、普段からExcel等で編集しているデータであれば取り込み用のワークシート等を作った方が早いと考えてのものです。
とはいえ、Excelでcsvファイルを開けるのであれば、Excelの機能を使用して重複を削除するのも良いかもしれません。
APIを組む場合、一覧画面上でレコードを取得し、同じ顧客、同じ月の重複するレコードのあった場合は レコードの一括更新 を使って1つのレコード以外金額を削除、といった手順になると思います。が、表の見方が分からないので何とも言えませんがcsvの合計金額をそのまま取り込むのではなく、単価と数量を取り込んで、それらを合計する計算フィールドを作る、といった手順ではいかがでしょうか。