いつもお世話になっております。
既出の質問でしたら申し訳ありません。
新デザインへの移行を行なおうと、「指定したユーザーのみ新デザインを使用する」を選択して、
自分だけ新デザインに切り替えました。
オリジナルのJavascriptやCSSでカスタマイズしている部分が多々ありますので、
それらを新デザイン表示用に調整してから、全ユーザーの画面を新デザインに切り替える予定です。
各アプリの画面ごとに登録しているオリジナルファイルは
正常に読み込まれており、新デザインに切り替えることで表示が崩れていたり、
または正常に表示されていたりします。
しかし、
ポータル画面用には「kintone全体のカスタマイズ」にオリジナルファイルを登録しているのですが、
このファイル群（Javascript、CSS）が読み込まれていません。
新デザインでは、「kintone全体のカスタマイズ」のところにファイルを登録しても、
ポータル画面には反映されなくなってしまったのでしょうか。
すみません、どうも早とちりのようで、
単純に新デザインに切り替えるとIDなどに変化があって、スクリプトが効いていないように見えている可能性があります。
もう少し調査をして、改めてご質問させていただきます。
ポータルに対するカスタマイズを行うにはおっしゃるように、全体カスタマイズに頼るしかなく、他方ポータルにはイベントや要素を操作するkintone JavaScript APIがないため、アップデートで変更になりうるDOM操作でしか今は対応するしかありません。
デザイン変更は、文字通りデザインに関する大きなアップデートなため、お気付きの通り盛大に要素のID、クラス名が変更されていますので、直接kintoneのDOMにアクセスしているカスタマイズについてはチェックされることをオススメします。
また、スタイルに関してもやはり画面まわりの変更ということで、旧デザインで対応していたスタイルがそのままだとつらいケースもあったりしますので、こちらも合わせてチェックされるのが良いかと思います。